Sięga XIII wieku. Wtedy to w rejon podbabiogórski napłynęła ludność dwoma głównymi szlakami: z północnego zachodu od Śląska, brzegiem Skawy i z północnego wschodu od Krakowa doliną Raby.
Pierwszymi osadnikami byli Wołosi, którzy pojawili się w XVI wieku. Jednak dopiero w XVII wieku wieś została oficjalnie założona przez Piotra Komorowskiego, właściciela dóbr suskich. Połączona została z czterech osad: Kobylanki, Lubnicy, Łachowic i Mącznej. Lachowice oraz kilka sąsiednich wsi tworzyły tzw. „państwo suskie”, które przechodziło kolejno w ręce Wielopolskich, Branickich i Tarnowskich.
Pierwsza wzmianka o Kobylance, osadzie pasterskiej z przysiółka Mizioły (Lachowice Górne), pochodzi z 1598 roku. Od 1608 roku obecna jest nazwa Lubnicy, zajmującej polany dolnych Lachowic. Większość mieszkańców osiedliła się w Łachowicach, głównej części wsi. Po jej północnej stronie znajdowała się Mączna. Współczesna nazwa, używana od 1670 roku, wzięła się od napływowej ludności określanej jako „Lachowie”.

Najważniejszym zabytkiem wsi jest drewniany kościół św. Piotra i Pawła z 1789 roku. Kościół w Lachowicach reprezentuje typową dla tego obszaru Polski drewnianą architekturę sakralną, która nawiązuje swoim stylem do późnego średniowiecza, ale posiada także elementy barokowe. Wraz z dziewięcioma innymi drewnianymi kościołami południowej Polski został on zgłoszony do wpisania na listę światowego dziedzictwa kultury UNESCO, ale ostatecznie na listę wpisano tylko 6 najstarszych budowli. W 2003 roku kościół został laureatem nagrody Ministra Kultury na „Zabytek Zadbany”. Kościół znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej województwa małopolskiego.
Lachowice stanowią punkt wyjścia szlaków turystycznych w Beskid Żywiecki oraz Beskid Mały.